במקרה בו המבקש או המידע המתבקש אינם פטורים מאגרה כפי שקובעות התקנות, רשאית הרשות לדרוש תשלום נוסף במקרה בו הטיפול בבקשה דורש מעל לשלוש שעות עבודה.
הסכומים קבועים בתקנות האגרות של חוק חופש המידע.
לשם הוכחת הפטור הקבוע בתקנה 6(ב) לתקנות חופש המידע (אגרות) בעניין מידע הנדרש לצורך מחקר אקדמי, יש להמציא לרשות הציבורית ממנה מתבקש המידע, אישור חתום בידי גורם אקדמי מטעם מוסד להשכלה גבוהה המוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה, שהמידע נצרך לצורך מחקר אקדמי. במקרה של חוסר וודאות, ניתן לדרוש מן הפונה אישור בדבר זיקתו למוסד, כגון אישור לימודים. למען הסר ספק, הממונה לא יכריע בשאלה מה נחשב "מחקר אקדמי" ויסתפק באישור הנ"ל.
הפטור פוטר את המבקש מאגרת הבקשה ומ- 4 שעות עבודה נוספות. כלומר, זכאי לפטור יתחיל לשלם עבור שעות העבודה החל מהשעה השמינית.
פטור מאגרה אינו כולל פטור מתשלום עבור הפקת המידע
המקרים בהם קיים פטור מתשלום אגרה הם:
1. אם המידע שהאדם ביקש נוגע לעצמו.
2. אם נתבקש מידע אודות נהלים פנימיים שהרשות היתה צריכה לפרסם לפי סעיף 6 לחוק.
3. כאשר מבקש המידע הוא עמותה או ארגון לתועלת הציבור הפועלים לקידום מטרה ציבורית ויש להם אישור ניהול תקין.
4. כאשר המידע מתבקש לצורך מחקר אקדמי.
5. כאשר מבקש המידע מקבל קצבה.